抗生素滥用的后果不仅是促生新的耐药菌，更重要的是损伤动物肠道。动物肠道本身是消化和吸收营养素的主要场所，是阻止肠腔内细菌、毒素等有害物质侵入体内的重要屏障，也是调控机体应激反应、生成炎症介质的重要器官。正常肠道屏障功能依赖于肠黏膜上皮屏障、肠道免疫系统以及肠道正常微生物的平衡。评价动物肠道健康的标准是其是否能促进肠道消化能力、降低病原数量、提高免疫力。
动物肠道先天具有免疫力，是重要的免疫器官。用免疫学概念来定义胃肠道的健康标准，可以检验肠道是否具有快速有效区分有害和无害物质的能力，进而做出相应的反应。以猪为例，肠道免疫系统的防御机制包括非免疫学的黏膜防御机制和免疫学的黏膜防御机制。猪体内60%产生免疫球蛋白的细胞都位于小肠黏膜，免疫细胞和70%～80%免疫球蛋白合成细胞聚集于肠道内，这是肠道黏膜免疫系统最主要的组成部分。肠道黏膜免疫系统含有丰富的淋巴组织，可以对机体摄入的食物抗原和体内的共生细菌产生免疫反应。当机体持续的接受食物抗原和体内共生细菌的刺激时，动物机体的免疫系统就会对这种“非自身”抗原产生高于主动反应的免疫耐受，同时黏膜免疫系统为了平衡效应功能和调节功能之间的比例，做出正确的免疫反应。
健康肠道的杀手
现代养殖模式对肠道健康的影响巨大，养殖畜禽全程处于亚健康状态，表现为生长缓慢、饲料利用率低、抗病力下降及精神状态差。绝大多数屠宰畜禽的消化道都有不同程度的病变甚至溃疡现象，这说明消化道尤其是肠道都存在问题，这也是导致疾病和影响生产性能的最大因素。导致这种现象的因素方方面面，归结如下：
1.养殖应激。集约化养殖生产过程中，人们为了追求最大效益，使用各种方法提高动物生产性能，使动物长期处于紧张的高速生产和各种因素引起的应激状态中。断奶、免疫、换料、分群和消毒等管理应激，低温、高温、季节变化导致温差变化的环境应激，由于应激反应可引起畜禽肠道的微生物菌群发生改变，损伤肠道微绒毛和肠壁，降低肠道黏膜免疫系统的功能。
2.霉菌毒素。霉菌毒素对畜禽养殖的危害有目共睹，危害较大的有黄曲霉毒素、玉米赤霉烯酮、呕吐毒素等。美国在2002年就已经将霉菌毒素列为饲料安全的第二大危险因素。目前，饲料原料的价格居高不下，利益的驱使导致劣质原料及饲料流入养殖场，很多企业也使用霉菌毒素吸附剂、分解剂来缓解毒素的作用，殊不知这样的饲料不仅营养成分发生改变，所含的毒素已经造成肠道不可逆转的损伤。霉菌毒素中毒后，肠道黏膜免疫系统与消化吸收机能均受到破坏。抑制细胞增殖、损害抗氧化系统、抑制消化酶的活性、降低养分吸收，损伤肠道结构甚至死亡。
值得一提的是如使用的动物蛋白原料不新鲜，组胺含量高，对养殖造成的损失也不可估量。
3.抗生素的非计划使用。在预防和治疗肠道疾病时，超剂量使用某些抗生素及激素类药物导致肠道菌群失调。传统方法维持畜禽肠道健康的药费很高，抗生素进入肠道后既杀灭病原菌又杀伤益生菌，破坏胃肠道内微生态平衡，易产生耐药菌株，发生药物残留，严重危害动物性食品的安全。抗生素的不合理使用也会破坏肠道免疫系统，降低胃肠道黏膜的免疫力。
4.肠道疾病。目前，畜禽养殖过程中因患各种寄生虫病或感染细菌、病毒造成肠道损伤，不仅发病引发猪只死亡，而且常引发畜禽发生肠炎、腹泻及溃疡等。肠道黏膜免疫系统功能损害，消化吸收机能紊乱，威胁肠道健康。
5.营养因素。肠道的发育和健康受营养调控，不同的营养源及营养水平对肠道健康的影响不同。值得注意的是，劣质蛋白添加氨基酸可以缓解生产性能的降低，却不能完全克服。直链淀粉高、支链淀粉低的淀粉在肠道前段不易消化，但有利于肠道健康。玉米油及椰子油促生长及肠道保健效果优于牛脂及棕榈油。饲料配制过程要排除抗营养因子对肠道消化的影响，控制进入肠道的营养。总之，肠道营养决定肠道健康，保护肠道健康主要营养措施是优化营养源和营养水平，正确使用饲料添加剂，合理加工调质饲料，科学饲养。
以上情况导致的动物疾病，一般都是应用抗生素处理，但结果却不尽人意。而且这种长期的、超量的应用抗生素对动物肠道的伤害最大，因此在疫病防控中一定要根据病情科学合理的选择安全、广谱、优质、高效的抗生素对症使用或预防保健，方可收到良好的防治效果。
如何养肠道？
肠道是机体最大的“加油站”和“排污厂”，保证肠道健康才能实现健康养殖，最大程度地减少用药。肠道健康的养护的重点应平衡肠道菌群，在现有养殖条件下规范使用抗生素，寻找绿色安全有效的替代品。
平衡肠道菌群
肠道是由好氧菌和厌氧菌组成的一个复杂的生态系统，对养分、其他外源或内源物质的能量代谢与免疫起着重要作用。肠道健康的核心是建立稳定的肠道菌群结构，稳定的体内微生物环境，提高动物免疫力，尤其是在幼龄动物阶段。虽然肠道微生态平衡的研究已成为当前的热点，但关于微生态区系研究及平衡调控技术仍有待提升。因此，加强肠道微生物菌群平衡的研究，在此基础上更加准确的指导相应调控产品的使用，如微生态制剂、中草药、益生元、酶制剂、酸化剂等。这也是目前抗生素保健的有力替代品，有助于从源头解决养殖行业中化学药品长期大量使用带来的负面影响。
规范使用抗生素，优化替代品的应用
饲喂抗生素的“保健方案”起源于20世纪40年代的欧美国家，在预防细菌性疾病方面，抗生素的确起到不可替代的作用。特别是近年，养殖集约化程度加强，疫病频发，更使得“加药保健”有了用武之地。未来养殖业将会越来越趋于规范，拒绝抗生素的滥用，才是保障安全性的关键。抗生素作为饲料添加剂的保健趋势，目前欧盟已经在法律上完全禁止；美国从2014年开始可能用3年时间禁止抗生素，严格限制使用量和严格执行停药期；韩国2012年开始准备禁止；中国已经开始控制使用。健康的养殖业应该将抗生素回归到治疗的本位，通过提高现有的养殖水平，以健康、环保的方式发展畜牧业。
明尼苏达大学兽医学院的研究人员在一项最新研究中发现，猪饲喂抗生素能够改进肠道细菌种类，细菌组成似于成年动物。这些变化与生长改善相关联，并且促进免疫系统较早的成熟，更快地达到成年动物的大小和代谢速度。这也给我们提供了一个新的思路，是否能够在不利用抗生素时通过改善菌群组成加速动物的生长？此外，筛选研制副作用小的饲用抗生素仍将是热点，而寻找经济安全有效的抗生素代替物以维持高效率的畜禽生产将是最理想的解决方法。一些专家近年来提出了用中草药、益生菌等代替物取代抗生素的思路。研究表明，饲料中添加中草药、益生菌可明显改变肠道细菌组成及数量，使有益菌类增加，并抑制大部分条件致病菌的生长，无毒无残留，同时还需要饲养措施、饲养环境、产业政策及专业法规的积极配合，才能真正使生物饲料添加剂发挥作用，解决饲料中存在的滥用抗生素问题。
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